На подручју Кнежевине Србије прве кораке на сакупљању црквено - уметничких драгоцености предузео је 1856. године Петар Јовановић, архиепископ београдски и митрополит српски. Овај архијереј апеловао је на београдско свештенство да сакупљају "српска живописна дела" како би се отворио "Српски музеум". Од прикупљених икона и уметничких слика, отворена је 1858. године у просторијама Београдске митрополије, уметничка галерија, тзв. "Художествена хранилница". После десет година (1868), ова збирка пренета је у београдски Народни музеј.

Акцију на сакупљању црквених драгоцености наставио је и митрополит српски Михаило, наследник митрополита Петра, с тим што су црквено-уметнички предмети "које ваља сачувати за науку", посебно рукописне и старе штампане богослужбене књиге што су узете из српских цркава и манастира, депоноване у Народну библиотеку, а метални и текстилни литургијски предмети у Народни музеј.

Архиепископ београдски и митрополит Србије, Инокентије, предложио је 1899. године Светом архијерејском сабору да се одреди извесна сума "из црквених фондова за копирање слика свих оних митрополита Србије, чије се слике могу наћи, те да се на тај начин оснује галерија митрополитских слика при митрополији Србије".

Идеја о поновном оснивању Музеја Српске православне цркве оживела је непосредно после националног уједињења. Лазар Мирковић, професор Универзитета, поднео је 1922. године представку Светом архијерејском синоду у којој је образложио потребу за оснивањем централног Музеја Српске православне цркве. На основу те представке, Свети архијерејски синод је одлучио да се приступи прикупљању података о црквено-уметничким предметима који се налазе у српским црквама и манастирима. Следеће године (1923), Синод је поступио по Саборском решењу и затражио попис свих значајних цркава и црквених здања, као и црквено-уметничких драгоцености.

Извесно затишје трајало је све до 1927. године, када је Свети архијерејски сабор донео одлуку да се изради Правилник и да се омогући да свака епархија оснује свој црквени музеј и библиотеку. После десет година, крајем 1936. године, на иницијативу патријарха Варнаве питање оснивања централног Музеја Српске православне цркве и других црквено-просветних институција постаје актуелно. Да би се реализовала ова замисао, позван је из Скопља др Радослав Грујић, професор Универзитета, коме је стављено у задатак да изврши све потребне припреме за формирање Музеја Српске православне цркве.

Почетком 1937. године, склопљен је уговор између Краљевине Југославије и Српске православне цркве о закупу Конака кнегиње Љубице у Београду, на педесет година, за смештај Музеја.

По доласку у Београд, проф. Радослав Грујић приступио је прикупљању материјала за музејску збирку и евидентирању црквено-уметничких предмета у земљи и иностранству. Протојереји Лазар Мирковић и Радослав Грујић обишли су 1937. године, уз материјалну помоћ Српске православне цркве, Румунију и Мађарску и регистровали најзначајније српске споменике и остале уметничке вредности у тим земљама. Почетком 1940. године, набављене су витрине за излагање музејских експоната, а отварање поставке Музеја предвиђено је за месец октобар 1940. године. Новонастале предратне прилике омеле су остваривање ове замисли, и јуна месеца исте године све особље Црквеног музеја разрешено је својих дужности. Ово је кратко трајало, јер је већ 1942. године др Радослав Грујић поново постављен за управника Музеја и на том положају је остао све до 1948. године када га је наследио проф. Светозар Ст. Душанић (управник Музеја од 1948. до 1990).

Министарство финансија Србије је, на захтев Министарства просвете Србије, донело маја 1946. године, одлуку о раскидању уговора са Српском православном црквом у вези коришћења Конака кнегиње Љубице, где је био смештен Црквени музеј. Крајем исте године, извршена је примопредаја Конака, а потом и пренос сачуваних музејских предмета у зграду Патријаршије.

Пре тога, почетком 1946. године, др Радослав Грујић предложио је највишим црквеним властима да затраже од државних власти да се у Београд пренесе све културно-историјско благо Српске цркве које је у току Другог светског рата однесено из цркава и манастира Српске православне цркве са подручја НДХ. Овај предлог др Радослава Грујића прихватио је Свети архијерејски синод и уједно га умолио да сачини елаборат о начину регистровања и враћања однетих црквено-уметничких предмета. Убрзо је и формирана Комисија коју су сачињавали представници црквених и државних власти, а која је требало да идентификује све драгоцености које су у току Другог светског рата, у четрдесет вагона, пренете у Загреб.

Наредбом Министарства просвете, од октобра месеца 1945. године, све то уметничко благо требало је да се врати Српској цркви. Међутим, у току рада Комисије издато је накнадно наређење од стране Комитета за културу и уметност при влади ФНР Југославије "да се Српској православној цркви имају предати само културно-историјски и други предмети Српске православне цркве, манастира итд., који су однесени са територије НР Србије и њених области (Војводина), а сада се налазе похрањени у Загребу. Предмети са територије НР Хрватске и даље остају на истом подручју".

Црквене драгоцености чије је враћање одобрено, допремљене су априла месеца 1946. године, у једанаест вагона, у Београд. Целине које су припадале појединим манастирима и црквама - као иконостаси - враћене су, где је то било могуће, на своја првобитна места (у цркве које за време рата нису страдале), а остали предмети депоновани су у посебне просторије Патријаршије.

Да би се омогућило излагање експоната, извршена је адаптација просторија у згради Патријаршије, а предмети предвиђени за излагање прошли су кроз руке рестауратора и конзерватора. Не мањи простор прилагођен је за депо где су смештени остали, неизложени предмети.

Коначно, Музеј Српске православне цркве у Београду отворио је 14. јуна 1954. године српски патријарх Викентије и том приликом рекао:

"Српска православна црква отварањем овог централног Музеја остварује своју давнашњу жељу. Она се носила мишљу још пре неколико деценија да отвори Музеј у коме би показала свој удео у стварању и изграђивању културе српског народа. За ово је Српска православна црква била дужна и својој прошлости и својој историјској науци. Наша Црква је увек водила рачуна о народним интересима, и често своје интересе - црквене и верске - жртвовала интересима народа. Она то и данас чини када се поред толико својих потреба стара за Црквени музеј. Она то чини радосно у уверењу да ће тиме користити историјској науци, нашој просвети и култури и нашем угледу у заједници осталих народа".

Патријарх Викентије је посебно нагласио да су "у тешкој и мукотрпној српској прошлости нестали градови, дворци, тврђаве, али је остао један део културног блага по манастирима и црквама у којима су га чували и сачували кроз векове српски монаси и свештеници"(...) "Иако су многе драгоцености уништене у честим ратовима - рекао је патријарх Викентије - ми се можемо поносити овим што је до данас сачувано". Патријарх се, такође, осврнуо на историјску подударност - сто педесету годишњицу Првог српског устанка, и изразио жељу да музејски експонати послуже свима који се баве изучавањем наше народне и црквене прошлости.

Поставка Музеја Српске православне цркве условљена је, како расположивим простором, тако и карактером уметничког и историјског материјала. Основни фонд Музеја чине: иконе, црквени текстил, метални литургијски предмети, рукописне и штампане богослужбене књиге, портрети, графика (дрворезне и бакрорезне плоче), привилегије, архивалије и друго.

Карактер материјала, као и историјска и уметничка вредност музејских експоната, условили су образовање одређених музејских целина. Тако је формирана целина са металним литургијским предметима из једне епохе, затим целина коју чине рукописне богослужбене књиге из XVI века, где се могу уочити одређени стилскоуметнички утицаји времена и поднебља, а засебна целина посвећена је одређеним историјским догађајима или личностима - драгоцености везане за личност кнеза Лазара. Потом следи историјска целина са изложеним експонатима који сведоче о животу и правима Срба на територији Хабзбуршке монархије. У неколико витрина налази се један број сакрално-уметничких предмета, груписаних у целине. То су антиминси, вотивни предмети, одежде, српска графика, панагије... Једну скупину представља збирка икона из различитих периода, са разним иконописачким представама. Упоредну целину чине иконе српских и руских зографа из истог времена где се могу уочити иконосликарске сличности и националне специфичности у ликовном изразу.

Посебна витрина посвећена је црквено-уметничким предметима руске провенијенције. Засебан простор у поставци говори о делима народног стваралаштва, а једна витрина је попуњена знацима архијерејског достојанства (соба II, витрина 5).

Издвојене су и прве српске штампане књиге: Октоих (Осмогласник) - прва српска инкунабула штампана 1493/94. године (изложено је фототипско издање Октоиха), и прва штампана књига у Београду - Београдско Четворојеванђеље из 1552. године (соба III, витрина 21).

Поједини предмети, због свог значаја а и димензија, засебно су изложени, и то: Плаштаница краља Милутина (XIII-XIV век) и дарохранилница, урађена као макета манастира Раванице, из 1705. године.

У свих пет просторија изложени су портрети српских патријараха, митрополита, епископа и угледних личности из српске прошлости. Портрети су уметничка дела наших најпознатијих сликара Јакова Орфелина, Теодора Димитријевића Крачуна, Павела Ђурковића, Уроша Предића, Паје Јовановића и других.

Својеврсну галерију представљају и портрети изложени у свечаним салонима српског патријарха, као и изложени портрети у Ризници Српске православне цркве у Сремским Карловцима. Један број портрета српских архијереја и историјских личности налази се у Галерији Матице српске у Новом Саду, затим у Меморијалном музеју Христофора Жефаровића у манастиру Бођанима као и у Ризници фрушкогорских манастира - у манастиру Гргетегу.

Постоје три основна извора која чине фонд Музеја: црквено-уметнички предмети које су прикупили др Лазар Мирковић и др Радослав Грујић, затим драгоцености из фрушкогорских манастира које су опљачкане за време Другог светског рата, а 1946. године враћене из Загреба у Београд, и поклони које Црквени музеј добија од институција и појединаца, поштовалаца ове установе. Овај последњи извор је сталан. Вредносни предмети и даље обогаћују фонд Музеја Српске православне цркве у Београду. Тешко је побројати све оне који су поклонили драгоцене предмете Црквеном музеју. Тако је, на пример, године 1949. друштво "Карађорђе" поклонило Музеју значајне вредности из српске прошлости, јер је те године ово друштво престало да постоји. Сличан случај је и са драгоценостима Српске црквене општине у Цариграду одакле је, посредством Министарства просвете, а преко Народне банке, Музеју достављено 185 црквено-уметничких предмета велике вредности.

Познати српски сликар Паја Јовановић поклонио је Музеју, 1950. године, неколико својих уметничких скица и преко осамдесет старих фотографија. Његов пут следи познати српски вајар Ђорђе Јовановић, који се такође уписао у листу дародаваца.

Међу значајне дародавце Црквеног музеја учислен је и блаженопочивши српски патријарх Герман који је поклонио неколико вредних икона, затим једну рукописну књигу и драгоцену збирку старог српског ордења.

Блаженопочивши епископ браничевски Хризостом, поред педесет и седам старих антиминса које је даровао Црквеном музеју, посредовао је код многих лица да ствари од вредности похране у ову Ризницу српског народа.

Епископ шумадијски др Сава огласио се као приложник Музеја Српске православне цркве још као викарни епископ, затим као владика источноамерички и канадски и данас, као епископ Шумадијске епархије. То чине данас и други архијереји Српске цркве, као и свештеници, монаси и верници из земље и дијаспоре.

Најдрагоценију целину у саставу Музеја Српске православне цркве чини оставина др Радослава Грујића, једног од оснивача данашњег Музеја, а која по својој садржини, уметничкој и историјској вредности, може да чини један засебан музеј.

Архитект Александар Дероко, угледни професор Београдског универзитета и академик, даровао је Црквеном музеју 1961. године значајну збирку планова и цртежа старих српских средњовековних манастира и цркава.

Једну целину, у саставу Црквеног музеја, чини и оставина др Пере Поповића, професора Архитектонског факултета у Београду. Окосницу ове збирке чине цртежи и планови црквених грађевина.

Невенка Грба, из Новог Сада, поклонила је Музеју драгоцене историјско-уметничке педмете који су припадали њеном стрицу фелдмаршалу Радовану Грби. Међу поклоњеним предметима налази се и застава хаџи Лоје - коју је Радован Грба, као млад официр у саставу корпуса генерала Филиповића, освојио 1868. године приликом окупације Босне и Херцеговине.

Др Миливоје Костић, академик и један од првих професора хирургије на Медицинском факултету Београдског универзитета, завештао је Црквеном музеју драгоцену икону са представом Васкрсења Христовог - Силазак у ад - дело непознатог критског зографа с краја XV века (соба IV, витрина 2).

Икону на којој је приказана Богородица са Христом у наручју, рад на платну с почетка XVII века, поклонио је Црквеном музеју др Милан Божић из Београда.

Др Ксенија Атанасијевић, прва међу Српкињама доктор философије, завештала је Музеју скоро сву своју научну грађу, део библиотеке и личну преписку.

Академик др Сава Петковић, поклонио је драгоцену архиву свог оца др Драгутина Петковића, оснивача првог српског Пастеровог завода.

Посебну целину у Музеју Српске православне цркве чини збирка акварела - сликарско дело др Драгомира Тадића, архитекте и плодног црквеног градитеља.

Госпођа Даринка Кашић, поверила је Музеју научну оставину свога мужа протојереја-ставрофора др Душана Љ. Кашића - ректора Београдске богословије и Богословског факултета у Београду. Овај легат представља праву ризницу изворне грађе и других драгоцености нашег историјског наслеђа.

Проф. Светозар Ст. Душанић, који је наследио др Радослава Грујића, као управника Музеја Српске православне цркве, своју научну грађу, нумизматичку збирку, кореспонденцију, фототеку и осталу документацију завештао је фонду Музеја.

Дуг би био списак свих дародаваца чији поклони обогаћују једну од најзначајнијих ризница културне прошлости српског народа, али једно је сигурно да по богатству, историјској и уметничкој вредности, предмети Музеја Српске православне цркве долазе одмах после драгоцености које се чувају у ризници манастира Хиландара.

Поред поклона, откупљен је и известан број предмета, и то оних који служе као допуна одређеним уметничким целинама. Управа Музеја откупила је један број графичких плоча из XVIII века: три дрворезне и две бакрорезне; затим дванаест византијских печата, неколико ранохришћанских крстова, многа архивска документа и један број икона, што све представља велику научну и историјску вредност.